La concesión de esta línea data del 13 de mayo de 1849 y se otorga a favor de Jerónimo Roiz, Cornelio Escalante y Vicente Trueba, como representantes del Ayuntamiento de Santander, Diputación Provincial de Santander y Junta de Comercio de Santander, respectivamente. La sociedad explotadora, Empresa del Ferrocarril de Isabel Segunda de Alar del Rey a Santander, se constituye en 1855 con un capital de 75 millones de reales. El Estado participa en el capital con 60 millones de reales y otra cantidad igual en concepto de compromiso de amortización de obligaciones emitidas por la compañía hasta esa cifra. El primer tramo abierto al servicio, Alar del Rey-Reinosa, de 50 Km de longitud, se inaugura el 10 de enero de 1857. En el año 1859 estaban en funcionamiento 137,360 km y faltaba tan solo el tramo Reinosa-Corrales de Buelna, que fue inaugurado en el año 1860. Su elevado presupuesto, 40 millones de pesetas, debido a las dificultades orográficas que debían superarse, provocó la quiebra de la compañía y su incautación por el Estado el 6 de mayo de 1868. Con fecha 30 de mayo de 1871 el Estado la transfirió a un grupo de acreedores y antiguos accionistas, bajo el nombre de Nueva Compañía del Ferrocarril de Alar del Rey a Santander. El 31 de agosto de 1871 era absorbida por la Compañía de Caminos de Hierro del Norte de España. El origen económico de esta línea se encuentra en la necesidad de dar una salida ágil al grano de Castilla, que hasta esos momentos era transportado por el Canal de Castilla (en 1856 circularon por él más de 400 barcazas) desde Valladolid a Alar del Rey, para continuar en carretas hasta Santander, donde era molturado y exportado a América.