Se constituye para hacer frente a la construcción y explotación de la línea Bilbao-Durango, de 32,7 km de longitud, que había sido adjudicada el 29 de diciembre de 1877. El tramo completo se abrió al servicio el 30 de mayo de 1882. Años más tarde, las compañías explotadoras de de los tramos Durango-Zumárraga y Zumárraga-San Sebastián, se fusionarían en la Compañía de los Ferrocarriles Vascongados. La dirección técnica del trazado Bilbao-Durango corrió a cargo del Ingeniero de Caminos Ibarra, célebre por sus controversias con Pablo Alzola (que fue Director General de Obras Públicas y construyó varios ferrocarriles en la región bilbaína), partidarios, respectivamente, de la vía estrecha y del ancho normal.